Maître Xehanort est un maître de la Keyblade respecté. Ancien condisciple de Maître Eraqus, duquel il diffère grandement dans sa vision des Ténèbres, il fut invité à l'Examen du Symbole de Maîtrise de Terra et Aqua.
Sa plus grande ambition est de comprendre les évènements qui ont précédé et suivi la Guerre des Keyblades.
Leader de l’Organisation XIII et Simili de Xehanort, Xemnas est le souverain d’Illusiopolis. Malgré le fait que son véritable nom soit Xehanort, il utilisa une anagramme du nom de son mentor, Ansem le Sage, ayant volé ce nom avant d’être transformé en Sans-cœur.
Le Sans-cœur de Xehanort naquit du cœur de Xehanort, quand celui-ci fut consumé par les Ténèbres (créant par la même occasion Xemnas). Premier apprenti d'Ansem le Sage, dont il usurpa le nom pour écrire des rapports, il fut celui qui insista pour continuer les expériences sur les Ténèbres, au point d'en perdre son cœur. Devenu un Sans-cœur de niveau hautement supérieur, il conserva énigmatiquement ses souvenirs. En abandonnant son corps, il permit également à son jeune alter-ego de voyager dans le temps.
Xehanort est originaire des Îles du Destin. Un jour, lorsqu'il se trouva sur l'une des plages de son monde, il reçut la visite d'un individu masqué; il s'agissait du Sans-cœur de son futur soi. Ce dernier vint du futur, dans le but de charger le Jeune Xehanort de remplir une mission bien particulière : rassembler douze incarnations de lui-même afin de pouvoir accomplir la volonté de son futur soi. Pour que Xehanort puisse réussir dans sa tâche, Ansem lui confia l'habilité de voyager à sa guise dans le temps. Après avoir terminé sa mission, le Sans-cœur repartit vers sa propre époque.
Utilisant une réplique créée par Vexen, la Véritable Organisation XIII décida d'intégrer une version maléfique de Riku venue du passé dans ses rangs ; le véritable Riku étant devenu trop résistant face aux Ténèbres pour être lui-même un candidat. Leur choix se porta sur une version de Néo Riku, la réplique prototype, datant d'avant le moment où Naminé brisa son cœur dans le Manoir Oblivion. Devenant un réceptacle pour le cœur de Maître Xehanort, cette version encore mauvaise de Néo Riku prit le nom de "Riku obscur" qui, comme l'original, estime être le réel Riku.
Apprenti de Maître Xehanort, il a été créé lorsque ce dernier a mutilé le cœur de Ventus, et possède ainsi un cœur de pures Ténèbres. De ce fait, il est aussi à l'origine des Nescients. Aqua affronta Vanitas, afin de libérer son ami de son emprise. L'être obscur sombra ensuite lentement, et disparut à son tour, au moment où il entrait en contact avec le palier de l'éveil, n'arborant désormais plus que Ventus.
Toutefois, la destruction de la moitié du cœur de Ventus, ainsi que celle de l'arme que son cœur avait créé, laissa ce dernier dans un coma profond.
Xigbar est le deuxième membre de l’Organisation XIII. De ce fait, il est l'un des membres les plus anciens du groupe. Il a déjà rencontré par le passé d'autres maîtres de la Keyblade, et ira même jusqu'à dire à Sora qu'il est l'un des plus faibles qu'il ait croisé. Il porte notamment de nombreuses cicatrices sur le visage, infligées par Terra, alors que Xigbar était encore humain. C'est une personne antipathique, impulsive voire odieuse. Avant de devenir Simili, il était Braig, l’un des anciens apprentis d’Ansem le Sage. Il fut transformé en Sans-cœur lorsque lui et les autres élèves soumirent leur cœur aux Ténèbres. Avant de devenir Braig il était Luxu un des oracles du grand maitre il a changé son coeur de corps en corps afin dêtre la pour la guerre de Xehanort.
Saïx est le septième membre de l’Organisation XIII et le premier membre n’ayant pas été élève d’Ansem le Sage à la rejoindre. Issu d'Isa, il est considéré comme étant le bras droit de Xemnas. En plus d'être le bras droit de Xemnas, il gère les affaires de l'Organisation au quotidien. Il contrôle le pouvoir de la lune pour entrer en transe au combat.
Dixième membre de l’Organisation XIII, Luxord considère le combat comme un jeu. A l'aide de son élément, le temps, et des cartes qui lui servent d'armes, il embarque ses ennemis dans une partie où l'on joue sa vie.
Il est patient, réfléchi, fin stratège puisqu'adepte des plans complexes pour parvenir à ses fins, et sait manipuler et troubler le cœur de ses ennemis. Il aime par dessus tout les jeux et prend un malin plaisir à transformer ses adversaires en cartes à jouer ou encore en dé.
Onzième membre de l’Organisation XIII, Marluxia est le seigneur du Manoir Oblivion, ainsi que l’antagoniste principal de l’histoire de Sora dans Kingdom Hearts: Chain of Memories. Originalement découvert par deux membres supérieurs – Xigbar et Xaldin, le numéro XI est le cerveau de la rébellion interne de l’Organisation.
Douzième membre de l’Organisation XIII, Larxene est la plus sadique d'entre eux. Elle aime se moquer des autres, ou les voir souffrir. Avant l’introduction de Xion, le quatorzième membre, Larxene était la seule femme de l’Organisation.
Terra-Xehanort est l'être surpuissant qui fut créé lorsque Maître Xehanort força son coeur à l'intérieur de Terra. Malgré cela, il fut incapable de vaincre Aqua, et devint amnésique après sa défaite. Il ne se rappela que de son nom : Xehanort, et fut recueilli par Ansem le Sage, qui en fit son apprenti.
Des années plus tard, et après avoir usurpé l'identité et le nom d'Ansem, les recherches de Xehanort ont abouti à la création des Sans-cœur de type Emblème, des Simili et de l’Organisation XIII. Ainsi, en tant qu'incarnation du Xehanort d'origine, cet être est, avec son Sans-cœur et son Simili, responsable d'une grande partie des conflits présents dans la série.
Les Répliques de Xehanort sont un groupe de douze répliques basées sur les membres de la Véritable Organisation XIII, Maître Xehanort exclu. Chacune d’entre-elle contient le pouvoir d’un membre. Leur morphologie est identique, et l’armure semble basée sur celle que Xehanort utilise actuellement. Elles sont combattues par Sora, Donald et Dingo à Scala ad Caelum.